W jej części środkowej i południowej znajduje się nasyp ziemny zidentyfikowany jako grodzisko stożkowate. W wyniku badań przeprowadzonych w latach 1989-1990 ustalono, że znajdujący się tu gródek z dworem mógł być siedzibą lokalnych możnowładców z przełomu XIV i XV – XV w.

Archeolodzy po 31 latach od zakończenia ostatnich prac wrócili na Ledniczkę, żeby ocenić stan zachowania reliktów w kontekście stwierdzonych zagrożeń (m.in. obniżenia się poziomu wody w jeziorze, działalności dzikich zwierząt, aktywność procesów stokowych) i rozpoznać osadnictwo na wyspie poza grodziskiem (dotychczas prace prowadzono wyłącznie na nasypie ziemnym).

Inspiracją do podjęcia badań lądowych było także odkrycie przez naukowców z Centrum Archeologii Podwodnej UMK w Toruniu reliktów mostów łączących Ledniczkę z zachodnim brzegiem jeziora. Przeprawy te datowane na X w. i przełom XIII i XIV w. wskazują na nieznaną dotychczas, a bardzo ważną rolę tej wyspy w systemie funkcjonowania lednickiego centrum osadniczego w X w. i później. Dodatkowo przeprowadzone na Ledniczce przez dr hab. Romana Křivánka z Czeskiej Akademii Nauk badania geofizyczne ujawniły anomalie, które wzięto pod uwagę lokalizując wykopy sondażowe.

W trakcie prowadzonych prac w północno-środkowej części wyspy odkryto pozostałości kamiennego bruku, którego określenie chronologii i funkcji wymaga dalszych badań. W wykopach po zachodniej stronie Ledniczki zadokumentowano średniowieczną linię brzegową, umocnioną kamiennym brukiem i konstrukcjami drewnianymi. Obecność jarzma z otworem czopowym (drewnianej belki z otworami na końcach, której celem było usztywnienie nad wodą wiązek pali, a także podtrzymywanie jezdni mostu) pozwala domniemywać, że w pobliżu znajdowały się przyczółki mostów. W trakcie badań odkryto fragmenty naczyń glinianych, kości zwierzęce, przedmioty drewniane, skórzane oraz metalowe. Na szczególną uwagę zasługuje średniowieczny topór/siekiera z zachowanym drewnianym toporzyskiem. Do badań specjalistycznych pobrano fragmenty obrobionego drewna, fragmenty dranic, paliki oraz ścinki – powstałe w czasie budowy mostów i nadbrzeża, próbki botaniczne i dendrologiczne.

Po zakończeniu prac na Ledniczce pozyskane materiały będą przedmiotem szczegółowych analiz, które pozwolą przybliżyć funkcję tej wyspy w powiązaniu z Ostrowem Lednickim – rezydencjonalno-stołecznym ośrodkiem pierwszych Piastów i w czasach późniejszych.