„Powietrze” czyli nic innego jak zaraza, wielokrotnie przechodziło przez nasz region, dziesiątkując ludność i sprawiając, że miasto zwyczajnie się wyludniało. Od średniowiecza aż po wiek XIX, pojawiają się wzmianki lub relacje, mówiące o straszliwych epidemiach, dziesiątkujących mieszkańców Gniezna. Dziś niejako słowa tej pieśni-modlitwy błagalnej, wydają się być oczywistym dla każdego, jednak dawniej morowego powietrza obawiano się niejednokrotnie bardziej, niż pozostałych wymienianych trzech zjawisk. Epidemii nie szło przewidzieć. Nadchodziła znienacka i atakowała wszystkich, niezależnie na status społeczny.
Najbardziej znaną zarazą, która odbiła się nie tylko w kronikach, ale także kulturze i miała wpływ na kształtowanie się postaw społecznych, była epidemia dżumy. Dziś szacuje się, że w trakcie jej panowania w połowie XIV wieku, zginąć mogło nawet 60% ludności Europy. Za cud można uznać jedynie fakt, że epidemia ominęła większość ziem polskich. Niemniej, inne zarazy wybuchały także lokalnie i to nawet dosyć często. Nie zauważano czynników, jakie towarzyszyły powstawaniu chorób. Rozróżniano je na podstawie wyglądu i zachowania organizmu chorego, a wszystkie ataki zarazy przyjęło się określać po prostu „morowym powietrzem”. Sądzono bowiem, skądinąd w sporej części słusznie, że zanieczyszczone powietrze przenosi wszystko, co dzisiaj znamy jako dżumę, czarną ospę, cholerę, tyfus itp.
Zarazy w Gnieźnie wybuchały dość często. Chociażby na przełomie XVI i XVII wieku, było ich aż 9. Jedyną obroną przed zarażeniem, powszechnie zresztą stosowaną, była izolacja od reszty społeczeństwa. Przykładowo, w Gnieźnie duchowieństwo opuszczało kolegiaty, udając się na tereny wiejskie do posiadanych folwarków, a szlachta uciekała do swoich siedzib położonych z dala od miast i wsi. Podobnie postępowali mieszczanie, o ile mieli gdzie uciec (na przykład do rodziny mieszkającej na rozległych przedmieściach Gniezna). Reszta zwyczajnie zamykała się w domach, ograniczając kontakty z innymi. Zamykano bramy miejskie, nie wpuszczano obcych i wznoszono modlitwy błagalne o ratunek przed zachorowaniem. Kolejne poważniejsze zarazy wybuchły na przełomie 1661 i 1662 roku, a następne wzmianki o epidemii pochodzą z lat 1708-1710. O ilości ofiar, które pochłonęły te wcześniejsze, zwyczajnie nie wiemy bo… umierali nawet kronikarze i osoby odpowiedzialne za liczenie ludności, a księgi miejskie dla bezpieczeństwa zamykano w archiwach.
Co powodowało zarazy? Jak zwracają uwagę historycy, a także część naukowców zajmujących się tą tematyką, można wymienić dwa czynniki sprzyjające rozprzestrzenianiu się dawnych chorób: brak higieny oraz migracja ludności. Ten drugi powód, w przypadku Gniezna, dotyczył przede wszystkim jarmarków, na które przybywały tysiące handlarzy z całej Europy, a także liczne wojny toczące się w XVII i XVIII wieku. Nieznajomość podstawowych (dziś powszechnie stosowanych) zasad higieny, była aż rażąca. Wodę czerpano z jezior, które niejednokrotnie były zanieczyszczane i tylko nieliczne studnie ratowały sytuację. Do tego odchody i obierki wyrzucane były często na ulicę albo do rowów czy strug płynących przez miasto. Dodać należy też fakt, że cmentarze zlokalizowane przy świątyniach w ścisłym mieście (i bezpośrednim sąsiedztwie zabudowań), również podnosiły czynnik epidemiczny. Pomoc w zarazach nieśli lekarze, nierzadko sprowadzani do ochrony ludności, co sami przypłacali życiem. W 1631 roku, w trakcie zarazy zmarł Jakub Zagórski, który przybył do Gniezna z Piotrkowa po śmierci innego lekarza, księdza Wincentego Oczka.
Pierwszy większy opis skutków zarazy w Gnieźnie, pochodzi z początku XVIII wieku. Morowe powietrze pojawiło się w sierpniu 1708 roku i trwało do 1710, skutecznie wyludniając miasto. W księdze metrycznej kościoła św. Trójcy, znalazł się zapis tutejszego proboszcza, ks. Alberta Rosińskiego: Roku Pańskiego 1708 27 sierpnia poczęło grasować morowe powietrze po całej Polsce, na które tu w Gnieźnie umarło 5000 ludzi od roku powyżej rzeczonego aż do r. 1710, których nazwiska w tej księdze nie są zapisane nie z niedbałości w czasie trzykrotnego moru, lecz dla braku księży, albowiem wielu w tem powietrzu pomarło. Oznaczało to wówczas upadek miasta tak wielki, że w 1714 roku żył tylko jeden mieszkaniec miasta w murach, który ocalał po epidemii. W 1720 roku przy spisie ludności stwierdzono, że sytuację poprawić mogą tylko przywileje królewskie, które zostały ostatecznie nadane. Ludności powoli przybywało, ale świetność miasta przez zarazy, wojny i pożary, przeminęła na zawsze.
Kolejne "powietrza" pojawiły się na początku XIX wieku, kiedy to mieszkańców zaatakowała ospa. W 1803 roku na tę straszną chorobę wiele niewiast rodzących umarło i to młodych. Tak żona sławnego niegdyś mecenasa polskiego Jana Zaborowskiego. Całe miasto jej żałowało. Mieszkała na Kawiorach. Nawet niektóre żydy płakały. Zaraza pojawiła się znowu w 1807 roku, na wskutek przemarszu wojsk francuskich, a także przeprowadzania jeńców rosyjskich i pruskich. Z tej to też okazji, 10 września tego roku, odprawiona została uroczysta procesya przy wielkim udziale ludu i strzelaniu z moździerzy z Gniezna do Kędzierzyna na uproszenie Boga, aby przez przyczynę św. Rocha zachował miasto od powietrza i uwolnił je od chorób. Ostatnia wzmianka o poważniejszej zarazie, pochodzi z 1831 roku, kiedy to w Gnieźnie panowała cholera.
Informacje, choć szczątkowe, nie pozwalają nam dziś osądzić, gdzie dokładniej chowano ofiary zaraz. Na pewno jednak nie miało to miejsca w ścisłej zabudowie, a dokonywano tego z dala od siedzib ludzkich. Nieprawdą jest więc także legenda miejska, mówiąca o cmentarzu cholerycznym u zbiegu ul. Krzywe Koło i Grzybowo. Zaraz bano się śmiertelnie i to dosłownie. Kiedy w 1624 roku wybuchła epidemia, miasto opuścił kanonik Stanisław Grot, uciekając do siedziby w Pobiedziskach gdzie… wkrótce umarł. Bano się także powrotu morowego powietrza. Sytuację w mieście poprawiły dopiero rozporządzenia, nakazy, poprawa higieny życia oraz wyrzucenie hodowli zwierząt i przydomowych rzeźni poza obręb ścisłej zabudowy miejskiej. Także likwidacja przepełnionych cmentarzy przykościelnych i utworzenie nowych, leżących poza miastem, poprawiły sytuację. Na budowę szpitala, mieszkańcy musieli jeszcze trochę poczekać.
